La Società Cooperativa Nautilus viene costituita nel 1985 a Vibo Valentia, in Calabria, per iniziativa di un gruppo di giovani laureati e diplomati, con l'intento di realizzare un progetto imprenditoriale dagli importanti ed ambiziosi contenuti.

La realizzazione di tale progetto è avvenuta grazie alle risorse finanziarie e alle opportunità formative contemplate dalla legge 44/86 (Legge De Vito) sulla nuova imprenditorialità giovanile nel Mezzogiorno.

Inizialmente le attività dell'azienda erano orientate al settore della geofisica e della geologia marina.

Successivamente, grazie all'acquisizione di nuove tecnologie e di un "capitale umano" altamente specializzato, l'offerta dei servizi si è estesa e diversificata.

Nel 2003 Nautilus realizza il primo impianto di Maricoltura Biologica in Italia, con il quale la Cooperativa affianca al tradizionale svolgimento di servizi, anche la produzione e la commercializzazione di prodotti ittici di qualità.