Nautilus è attualmente impegnata su diversi progetti, ma i più importanti per quanto concerne la valenza economica ed i possibili sviluppi futuri sono:
Il progetto C.R.E.S.Co.M.A., realizzato in collaborazione con prestigiose Università italiane, prevede la creazione di un Centro di Ricerca di Eccellenza per la sperimentazione e la definizione di nuove tipologie di analisi molecolari applicate a matrici alimentari ed ambientali.
Il progetto HI.T.EX omega 3 prevede di sviluppare un processo innovativo, utilizzando in massima parte la tecnologia di estrazione supercritica, che porti ad ottenere, a partire da matrici di scarto di origine animale e/o vegetale, prodotti ad alto valore aggiunto quali l'omega 3, i polifenoli, il licopene ed altri.
In entrambi i progetti Nautilus compie una notevole diversificazione delle attività, implementando servizi e processi ad alta tecnologia.
Uno dei traguardi più importanti raggiunti recentemente dalla Società Cooperativa Nautilus è l'aggiudicazione dei Servizi di Monitoraggio Ambientale, Territoriale e Sociale per la costruzione del Ponte sullo Stretto di Messina e le infrastrutture circostanti.
